Клинико-патологический анализ летальных исходов в зависимости от генотипа коронавируса SARS-COV-2

Генотип вируса SARS-CoV-2 играет важную роль в эпидемиологической и клинической характеристике новой короновирусной инфекции. Литературные данные о морфологических особенностях поражений, обусловленных разными генотипами вируса, отсутствуют.

Цель: оценка клинико-лабораторных и морфологических изменений в зависимости от генотипа вируса SARS-CoV-2.

Материалы и методы. Проведен ретроспективный анализ медицинских карт 39 больных COVID-19 с тяжелым течением заболевания, закончившимся летальным исходом, находившихся на стационарном лечении в Клинической инфекционной больнице им. С.П. Боткина в 2020–2022 гг. Оценена клинико-лабораторная характеристика, включая определение генотипа вируса, уровни лейкоцитов, лимфоцитов, аланинаминотрансферазы, креатинина, ферритина, С-реактивного белка, Д-димера, интерлейкина-6. Произведена оценка макро- и микроскопических изменений, в том числе иммуногистохимическое исследование легких и других органов с использованием сывороток к СD14 68, 163, коллагену 1 и 3 типа. Препараты были оцифрованы на сканере Panoramic, морфометрические исследования проведены с использованием программы SlideViewer, в том числе количественно определено содержание CD68+ макрофагов в 12 наблюдениях.

Результаты. У всех пациентов заболевание осложнилось развитием пневмонии, большинство имели сопутствующие заболевания (94,6%). Среднее время госпитализации 19,0±1,6 дня, среднее время пребывания в реанимационном отделении 7,7±1,2 дней. В зависимости от генотипа вируса SARS-CoV-2 установлены статистически значимые различия между возрастом больных, длительностью пребывания в отделении реанимации и уровнем лимфоцитов. Различий по средней продолжительности госпитализации, уровню лабораторных показателей не выявлено. Гистопатологическая картина у всех обследованных была примерно одинаковой. Содержание макрофагов CD68+ на единицу площади при различных генотипах не отличалось, но значительно колебалось в пределах одного генотипа.

Заключение. Таким образом, существенных различий между изменениями, обусловленными разными генотипами нового коронавируса, выявить не удалось. Вероятно, это можно объяснить тем, что в состав мутаций не входят участки генома, релевантные факторам вирулентности, хотя необходимы дальнейшие исследования.

1. Rambaut A, Holmes EC, O’Toole ñ et al. A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nat Microbiol. 2020 5:1403–1407.

2. Klink GV, Safina KR, Nabieva E, Shvyrev N, Garushyants S, Alekseeva E, Komissarov AB, Danilenko DM, Pochtovyi AA, Divisenko EV, Vasilchenko LA, Shidlovskaya EV, Kuznetsova NA. Coronavirus Russian Genetics Initiative (CoRGI) Consortium Speranskaya AS, Samoilov AE, Neverov AD, Popova AV, Fedonin GG; CRIE Consortium, Akimkin VG, Lioznov D, Gushchin VA, Shchur V, Bazykin GA. The rise and spread of the SARS-CoV-2 AY.122 lineage in Russia. Virus Evol. 2022 Mar 5;8(1):veac017. doi: 10.1093/ve/veac017

3. Komissarov AB, Safina KR, Garushyants SK, Fadeev AV, Sergeeva MV, Ivanova AA, Danilenko DM, Lioznov D, Shneider OV, Shvyrev N, Spirin V, Glyzin D, Shchur V, Bazykin GA. Genomic epidemiology of the early stages of the SARS-CoV-2 outbreak in Russia. Nat Commun. 2021 Jan 28;12(1):649. doi: 10.1038/s41467-020-20880-z

4. Galya V. Klink, Ksenia R. Safina, Sofya K. Garushyants, Mikhail Moldovan, Elena Nabieva, The CoRGI (Coronavirus Russian Genetic Initiative) Consortium, Andrey B. Komissarov, Dmitry Lioznov, Georgii A Bazykin Spread of endemic SARSCoV-2 lineages in Russia doi: https://doi.org/10.1101/2021.05.25.21257695

5. Calabrese F, Pezzuto F, Fortarezza F, Hofman P, Kern I, Panizo A, von der Thüsen J, Timofeev S, Gorkiewicz G, Lunardi F. Pulmonary pathology and COVID-19: lessons from autopsy. The experience of European Pulmonary Pathologists. Virchows Arch. 2020 Sep; 477(3):359-372. doi: 10.1007/s00428-020-02886-6.

6. Vasquez-Bonilla WO, Orozco R, Argueta V, Sierra M, Zambrano LI, Muñoz-Lara F, López-Molina DS, Arteaga-Livias K, Grimes Z, Bryce C, Paniz-Mondolfi A, Rodríguez-Morales AJ. A review of the main histopathological findings in coronavirus disease 2019. Hum Pathol. 2020 Nov; 105:74-83. doi: 10.1016/j.humpath.2020.07.023.

7. Wootton SC, Kim DS, Kondoh Y, Collard HR et al. Viral infection in acute exacerbation of idiopathic pulmonary fibrosis. Am J Respir Crit Care Med. 2011; 183(12):1698-1702

8. Зайратьянц, О.В. Патологическая анатомия COVID-19: опыт 2000 аутопсий / О.В. Зайратьянц [и др.] // Судебная медицина – 2020. – Т. 6, № 4. – С. 10–23.

9. Самсонова, М.В. Особенности патологической анатомии легких при COVID-19 / М.В. Самсонова [и др.] // Пульмонология. – 2020. – Т. 30, № 5. – С. 519–532.

10. Коган, Е.А. Патологическая анатомия инфекции, вызванной SARS-CoV-2 / Е.А. Коган [и др.] // Судебная медицина. – 2020. – Т. 6, № 2. – С. 8–30.

11. Рыбакова, М.Г. Патологическая анатомия новой коронавирусной инфекции COVID-19. Первые впечатления / М.Г. Рыбакова, В.Е. Карев, И.А. Кузнецова // Архив патологии. – 2020. – Т. 82, № 5. – С. 5–15.

12. Цинзерлинг, В.А. Вопросы патоморфогенеза новой коронавирусной инфекции (COVID-19) / В.А. Цинзерлинг [и др.] // Журнал инфектологии. – 2020. – Т. 12, № 2. – С. 5–11.

13. Временные методические рекомендации: профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Версия 15 (22.02.2022) // Министерство здравоохранения российской Федерации https://rosminzdrav.ru

14. Barczyk, A., et al. Cytokine production by bronchoalveolar lavage T lymphocytes in chronic obstructive pulmonary disease. J Allergy Clin Immunol 2006; 117:1484-92

15. Wu TT, Travaglini KJ, Rustagi A, Xu D, Zhang Y, Jang SK, Gillich A, Dehghannasiri R, Martinez-Colon G, Beck A, Wilk AJ, Morri M, Trope WL, Shrager JB, Quake SR, Kuo CS, Salzman J, Kim PS, Blish CA, Krasnow MA Activated interstitial macrophages are a predominant target of viral takeover and focus of inflammation in COVID-19 initiation in human lung doi: https://doi.org/10.1101/2022.05.10.491266

16. Skok K, Stelzl E, Trauner M, Kessler HH, Lax SF. Postmortem viral dynamics and tropism in COVID-19 patients in correlation with organ damage. Virchows Arch. 2020 Aug; 20:1–11. doi: 10.1007/s00428-020-02903-8.

17. Giacomelli Ch, Piccarducci R, Marchetti L , Romei Ch, Martini C Pulmonary fibrosis from molecular mechanisms to therapeutic interventions: lessons from post-COVID-19 patients Biochemical Pharmacology 193 (2021) 114812https://doi.org/10.1016/j.bcp.2021.114812