Проблемы ПЦР-диагностики COVID-19
Аннотация
На сегодняшний день адекватная и своевременная оценка числа заболевших – основа эффективных мероприятий, направленных на предупреждение распространения новой коронавирусной инфекции COVID-19. «Золотым стандартом» подтверждения инфицирования SARS-CoV-2 на сегодняшний день остается полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией в режиме реального времени.
Цель: проанализировать опыт работы городского вирусологического центра Клинической инфекционной больницы им. С.П. Боткина по обследованию на наличие коронавируса SARS-CoV-2 методом полимеразной цепной реакции в период с 2020 по 2022 г.
Материалы и методы. Проведена систематизация ПЦР-исследований на COVID-19 за период 2020–2022 гг. Всего было обследовано 221 901 человек, положительные результаты получены у 55 372 (24,95%). Среди контингентов обследованных больных преобладали пациенты, проходившие стационарное лечение в клинической инфекционной больнице им. С.П. Боткина.
Результаты. В данном исследовании проанализированы возможные причины появления ложноположительных и ложноотрицательных результатов ПЦР. Показана корреляция числа положительных результатов с динамикой выявления новых случаев COVID-19 в СанктПетербурге в период пандемии 2020–2022 гг. Установлено, что доля пациентов, обследованных за период госпитализации более 3 раз, остается значительной. Этот факт требует самого пристального внимания, учитывая высокую стоимость и трудоемкость ПЦРисследований.
Об авторах
Т. Д. Григорьева
Клиническая инфекционная больница им. С.П. Боткина
Россия
Конфликт интересов:
Россия
Григорьева Тамара Дмитриевна – заведующая Городского консультативно-диагностического центра (вирусологического), кандидат медицинских наук.
Санкт-Петербург; тел.: (812)246-06-16, +7-904-554-50-12
Конфликт интересов:
нет
М. А. Белопольская
Клиническая инфекционная больница им. С.П. Боткина; Институт экспериментальной медицины
Россия
Конфликт интересов:
Россия
Белопольская Мария Андреевна – кандидат медицинских наук, врач-инфекционист поликлиники КИБ им. С.П. Боткина, научный сотрудник лаборатории хронических вирусных инфекций Института экспериментальной медицины, кандидат медицинских наук.
Санкт-Петербург; тел.: 8(812)777-80-12; +7-921-303-56-67
Конфликт интересов:
нет
Список литературы
1. Adhikari SP, Meng S, Wu YJ, et al. Epidemiology, causes, clinical manifestation and diagnosis, prevention and control of coronavirus disease (COVID-19) during the early outbreak period: a scoping review. Infect Dis Poverty. 2020;9(1):29. Available from: https://doi.org/10.1186/s40249-020-00646-x
2. Lv M, Luo X, Estill J, et al. Coronavirus disease (COVID-19): a scoping review. Euro Surveill. 2020;25(15):2000125. Available from: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.15.2000125
3. COVID-19 Data Repository by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University. https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19
4. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). 2020 27 July 2020]; Available from: https://talk.ictvonline.org/.
5. Naqvi, A.A.T., et al., Insights into SARS-CoV-2 genome, structure, evolution, pathogenesis and therapies: Structural genomics approach. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis, 2020. 1866(10): p. 165878.
6. Yoshimoto, F.K., The Proteins of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS CoV-2 or nCOV19), the Cause of COVID-19. Protein J, 2020. 39(3): p. 198-216.
7. Kim, D., et al., The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome. Cell, 2020. 181(4): p. 914-921 e10.
8. Watson J, Whiting PF, Brush JE. Interpreting a COVID-19 test result. BMJ. 2020;369:m1808. Available from: https://doi.org/10.1136/bmj.m1808
9. Tahamtan A, Ardebili A. Real-time RT-PCR in COVID-19 detection: issues affecting the results. Expert Rev Mol Diagn. 2020;20(5):453-454. Available from: https://doi.org/10.1080/14737159.2020.1757437
10. Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения / Государственный реестр медицинских изделий и организаций (индивидуальных предпринимателей), осуществляющих производство и изготовление медицинских изделий. Имеется по адресу: https://www.roszdravnadzor.gov.ru/services/misearch
11. Цибин, А.Н. Временное руководство по лабораторной диагностике COVID-19 в условиях пандемии : методические рекомендации № 89 / А.Н. Цибин [и др.]. – М.: ГБУ «НИИОЗММ ДЗМ», 2020. – 64 с.
12. Zou, L., et al., SARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected Patients. N Engl J Med, 2020. 382(12): p. 1177-1179.
13. Young, B.E., et al., Epidemiologic Features and Clinical Course of Patients Infected With SARS-CoV-2 in Singapore. JAMA, 2020.
14. W. Wang et al., “Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens,” JAMA, Mar. 2020.
15. Zheng, S., et al., Viral load dynamics and disease severity in patients infected with SARS-CoV-2 in Zhejiang province, China, January-March 2020: retrospective cohort study. BMJ, 2020. 369: Р. 1443.
16. Lescure, F.X., et al., Clinical and virological data of the first cases of COVID-19 in Europe: a case series. Lancet Infect Dis, 2020.
17. Chen, W., et al., Detectable 2019-nCoV viral RNA in blood is a strong indicator for the further clinical severity. Emerg Microbes Infect, 2020. 9(1): p. 469-473
18. Wyllie, A.L., et al., Saliva or Nasopharyngeal Swab Specimens for Detection of SARS-CoV-2. N Engl J Med, 2020.
19. Moriguchi, T., et al., A first case of meningitis/encephalitis associated with SARS-Coronavirus-2. Int J Infect Dis, 2020. 94: p. 55-58
20. Li, Q., et al., Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus-Infected Pneumonia. N Engl J Med, 2020. 382(13): p. 1199-1207.
21. Backer, J.A., D. Klinkenberg, and J. Wallinga, Incubation period of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infections among travellers from Wuhan, China, 20-28 January 2020. Euro Surveill, 2020. 25(5).
22. Xu, K., et al., Factors associated with prolonged viral RNA shedding in patients with COVID-19. Clin Infect Dis, 2020.
23. Галимова, А.А. Протекание полимеразной цепной реакции с праймерми «встык» в присутствии ингибиторов / А. А. Галимова, А. Р. Сахабутдинова, Р. Р. Гарафутдинов // Вестник Башкирского университета. – 2017. – Т. 22, № 4. – С. 1017–1021.
24. Surkova E, Nikolayevskyy V, Drobniewski F. Falsepositive COVID-19 results: hidden problems and costs. Lancet Respir Med. 2020;8(12):1167-1168. Available from: https://doi.org/10.1016/S22132600(20)30453-7
25. Healy B, Khan A, Metezai H, Blyth I, Asad H. The impact of false positive COVID-19 results in an area of low prevalence. Clin Med (Lond). 2021;21(1):e54-e56. Available from: https://doi.org/10.7861/clinmed.2020-0839
26. Wang CYT, Buckley C, Bletchly C, Harris P, Whiley D. Contamination of SARS-CoV-2 RT-PCR probes at the oligonucleotide manufacturer. Pathology. 2020;52(7):814-816. Available from: https://doi.org/10.1016/j.pathol.2020.08.002
27. Постановление Главного государственного санитарного врача Российской Федерации от 13.11.2020 № 35 «О внесении изменений в постановление Главного государственного санитарного врача Российской Федерации от 22.05.2020 № 15 «Об утверждении санитарно-эпидемиологических правил СП 3.1.3597-20 «Профилактика новой коронавирусной инфекции (СОVID-19)» (зарегистрирован 16.11.2020 г. № 60909)
28. Временные методические рекомендации «Профилактика диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции COVID-19». Версия 15 (22.02.2022)
Рецензия
Для цитирования:
Григорьева Т.Д., Белопольская М.А. Проблемы ПЦР-диагностики COVID-19. Журнал инфектологии. 2022;14(3):55-60. https://doi.org/10.22625/2072-6732-2022-14-3-55-60
For citation:
Grigorieva T.D., Belopolskaya M.А. Рroblems of PCR diagnostics OF COVID-19. Journal Infectology. 2022;14(3):55-60. (In Russ.) https://doi.org/10.22625/2072-6732-2022-14-3-55-60
Просмотров: 77
.png)
.png)
Послать статью по эл. почте 