<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">jofin</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">Журнал инфектологии</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Journal Infectology</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2072-6732</issn><publisher><publisher-name>IPO “АIDSSPbR"</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.22625/2072-6732-2019-11-4-107-112</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">jofin-969</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>Лабораторная диагностика</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>Laboratory diagnostics</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Ускоренный метод идентификации бактерий и микромицетов в гемокультурах у детей с использованием мультиплексной пцр в режиме реального времени</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Accelerated method of identification of bacteria and micromycetes in hemocultures in children using multiplex PCR in real time</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Чеботкевич</surname><given-names>В. Н.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Chebotkevich</surname><given-names>V. N.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Чеботкевич Виталий Николаевич — руководитель лаборатории бактериологии, доктор медицинских наук, профессор.</p><p>Санкт-Петербург; тел.: 8(812)717-29-58</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Saint-Petersburg</p></bio><email xlink:type="simple">vitnikcheb@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Мартенс</surname><given-names>Э. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Martens</surname><given-names>E. A.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Мартенс Эльвира Акрамовна — заведующая лабораторией медицинской микробиологии.</p><p>Санкт-Петербург; тел.: 8(812)234-36-73</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Saint-Petersburg</p></bio><email xlink:type="simple">eamartens@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Сидоренко</surname><given-names>С. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Sidorenko</surname><given-names>S. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Сидоренко Сергей Владимирович — руководитель отдела молекулярной микробиологии и эпидемиологии, доктор медицинских наук, профессор</p><p>Санкт-Петербург; тел.: 8(812)347-49-13</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Saint-Petersburg</p></bio><email xlink:type="simple">sidorserg@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Киселева</surname><given-names>Е. Е.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Kiseleva</surname><given-names>E. Е.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Киселева Екатерина Евгеньевна — младший научный сотрудник лаборатории бактериологии, кандидат биологических наук.</p><p>Санкт-Петербург, тел.: 8(812)717-29-58</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Saint-Petersburg</p></bio><email xlink:type="simple">venefika989@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Бессмельцев</surname><given-names>С. С.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Bessmeltsev</surname><given-names>S. S.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Бессмельцев Станислав Семенович — заместитель директора по научной работе, доктор медицинских наук, профессор.</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Saint-Petersburg</p></bio><email xlink:type="simple">bsshem@hotmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>Российский научно-исследовательский институт гематологии и трансфузиологии</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Russian Research Institute of Hematology and Transfusiology</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-2"><aff xml:lang="ru"><institution>Детский научно-клинический центр инфекционных болезней</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Pediatric Research and Clinical Center for Infectious Diseases</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2019</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>08</day><month>12</month><year>2019</year></pub-date><volume>11</volume><issue>4</issue><fpage>107</fpage><lpage>112</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Чеботкевич В.Н., Мартенс Э.А., Сидоренко С.В., Киселева Е.Е., Бессмельцев С.С., 2019</copyright-statement><copyright-year>2019</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Чеботкевич В.Н., Мартенс Э.А., Сидоренко С.В., Киселева Е.Е., Бессмельцев С.С.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Chebotkevich V.N., Martens E.A., Sidorenko S.V., Kiseleva E.Е., Bessmeltsev S.S.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://journal.niidi.ru/jofin/article/view/969">https://journal.niidi.ru/jofin/article/view/969</self-uri><abstract><sec><title>Цель</title><p>Цель: оценить эффективность и клиническую значимость ускоренного метода идентификации микроорганизмов в гемокультурах у детей с использованием мультиплексной ПЦР в режиме реального времени.</p></sec><sec><title>Материалы, и методы</title><p>Материалы, и методы: всего было исследовано 72 образца крови, полученных от. 62 детей в возрасте от. 3 месяцев до 16 лет. Идентификацию выделенных культур проводили с помощью ПЦР в реальном времени, а также с использованием, классических культуральных микробиологических методов.</p></sec><sec><title>Результаты</title><p>Результаты: исходя из частоты выявления и клинической значимости патогенов, выделяемых от. больных, была сформирована панель тест-систем для их идентификации с помощью ПЦР в реальном времени. Показано, что эффективность метода идентификации бактерий и микромицетов с помощью ПЦР в реальном времени по сравнению с микробиологическим методом составила 86,7%. Установлено значительное сокращение времени идентификации возбудителей (с 48 ч до 5—7 ч). Кроме того, использование данного метода позволяет в эти же сроки выявлять ряд генов антибиотикорезистентности (в частности, гены приобретенных карбапене-маз и метициллин-резистентности стафилококков).</p></sec><sec><title>Заключение</title><p>Заключение: разработанный метод идентификации микроорганизмов в крови с использованием. ПЦР в реальном. времени показал свою эффективность, клиническую значимость и возможность использования при оказании медицинской помощи педиатрическим, пациентам.. Его применение значительно сокращает сроки получения результатов и, таким, образом., позволяет, начать своевременную этиотропную терапию.</p></sec></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><sec><title>Objective</title><p>Objective: To evaluate the effectiveness and clinical significance of an accelerated, method, for the identification of microorganisms in blood, cultures in children using real-time multiplex PCR.</p></sec><sec><title>Materials and methods</title><p>Materials and methods: A total of 72 blood, samples were obtained, from 62 children aged. 3 months to 16 years. The identification of the isolated cultures, according to the proposed, method, was carried out in real-time PCR and. also using classical culture microbiological methods.</p></sec><sec><title>Results</title><p>Results: Based, on the frequency of detection and. the clinical significance of pathogens isolated from children, a panel of test systems was formed to identify them, by means of real-time PCR. It was shown that the effectiveness of the developed, method, for identification, of bacteria and. micromycetes by real-time PCR was 86,7% as compared, with the microbiological method. A significant reduction in the time of identification, of pathogens (from 48 hours to 5—7 hours) was demonstrated. In addition, the use of this method, allows, at the same time, to identify a number of antibiotic resistance genes (in particular, the genes of acquired, carbapenemases and. methicillin-resistant staphylococci).</p></sec><sec><title>Conclusion</title><p>Conclusion: The developed, method, with real-time PCR for detecting and identifying microorganisms in the blood has shown its effectiveness, clinical significance and. the possibility of using it for pediatric patients. Its use significantly shortens the time frame for obtaining results and, thus, allows timely initiation, of etiotropic therapy.</p></sec></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>инфекции кровотока</kwd><kwd>ПЦР</kwd><kwd>ПЦР-РВ</kwd><kwd>педиатрические пациенты</kwd><kwd>дети</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>blood flow infections</kwd><kwd>PCR</kwd><kwd>PCR-RT</kwd><kwd>children</kwd></kwd-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Ruth A. McCracken C.E., Fortenberry J.D. et al. Pediatric severe sepsis: current trends and outcomes from the Pediatric Health Information Systems database. Pediatr. Crit. Care Med. 2014 Nov; 15 (9): 828-838.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Ruth A. McCracken C.E., Fortenberry J.D. et al. Pediatric severe sepsis: current trends and outcomes from the Pediatric Health Information Systems database. Pediatr. Crit. Care Med. 2014 Nov; 15 (9): 828-838.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Скрипченко, Н.В. Нейроинфекции у детей в современных условиях / Н.В. Скрипченко [и др.] // Практическая медицина. — 2017. — №111 ('10). — С. 7—15.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Skripchenko N.V., Vil'nic A.A., Skripchenko E.Ju. [et al.] Nejroinfekcii u detej v sovremennyh uslovijah. Prakticheskaja medicina. 2017;'('10 (111): 7-15 (In Russian).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Скрипченко, Н.В. Гнойные менингиты у детей : руководство для врачей / Н.В. Скрипченко, Ю.В. Лобзин, А.А. Вильниц. - СПб: СИНЭЛ, 2017. - 404 с.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Skripchenko N.V., Lobzin Ju.V., Vil'nic A.A. Gnojnye meningity u detej. Rukovodstvo dlja vrachej. SPb: SINJeL, 2017: 404 p. (In Russian).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Об унификации микробиологических (бактериологических) методов исследования, применяемых в клинико-диагностических лабораториях лечебно-профилактических учреждений: приказ МЗ СССР № 535 от 22 апреля 1985 г. Ссылка активна на 31.08.2018 г. — http://www.alppp.ru/law/zdravoohranenie--fizicheskaja-kultura-i-sport--turizm/zdravoohranenie/64/prikaz-minzdrava-sssr-ot-22-04-1985--535.html</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Ob unifikacii mikrobiologicheskih (bakteriologicheskih) metodov issledovaniya, primenyaemyh v kliniko-diagnos-ticheskih laboratoriyah lechebno-profilakticheskih uchrezh-denij: prikaz MZ SSSR № 535 ot 22 aprelya 1985 g. — http://www.alppp.ru/law/zdravoohranenie--fizicheskaja-kultura-i-sport--turizm/zdravoohranenie/64/prikaz-minzdrava-sssr-ot-22-04-1985--535.html (In Russian).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Киселева, Е.Е. Алгоритм выявления и видовой идентификации бактерий в крови с использованием ПЦР / Е.Е. Киселева // Вестник гематологии. — 2017. — Т. XIII, №1. — С. 19 — 24.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kiseleva E.E. Algoritm vyyavleniya i vidovoj identifika-cii bakterij v krovi s ispol'zovaniem PCR. Vestnik gematologii. 2017; XIII (1): 19-24 (In Russian).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Багирова, Н.С. Бактериемия истинная и ложная: значение критериев оценки клинической значимости положительной гемокультуры / Н.С. Багирова // Клиническая Лабораторная Диагностика. — 2015. — Т. 60, № 8. — С. 55 — 61.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Bagirova N.S. Bakteriemiya istinnaya i lozhnaya: znache-nie kriteriev ocenki klinicheskoj znachimosti polozhitel'noj gemokul'tury. Klinicheskaya Laboratornaya Diagnostika. 2015; 60 (8): 55-61 (In Russian).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Матосова, С.В. Апробация методики на основе ПЦР в режиме реального времени для расшифровки этиологии септических состояний / С.В.Матосова [и др.] // Вестник гематологии. — 2014. — Т. Х, № 4. — С. 39.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Matosova S.V., Savochkina Y.A., Gavrilov S.N. et al. Apro-baciya metodiki na osnove PCR v rezhime real'nogo vremeni dlya rasshifrovki ehtiologii septicheskih sostoyanij. Vestnik gematologii. 2014; X (4): 39 (In Russian).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Hall K.K., Lyman J.A. Updated review of blood culture contamination. Clin. Microbiol Rev. 2006; 19 (4): 788-802.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Hall K.K., Lyman J.A. Updated review of blood culture contamination. Clin. Microbiol Rev. 2006; 19 (4): 788-802.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Chebotkevich, V.N., Bessmeltsev S.S., Kiseleva E.E. et al. Bloodstream infections and herpesvirus activation following intensive chemotherapy of adult oncohematological patients. Cellular Therapy and Transplantation. 2016; 5 (4(17)): 21-31.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Chebotkevich, V.N., Bessmeltsev S.S., Kiseleva E.E. et al. Bloodstream infections and herpesvirus activation following intensive chemotherapy of adult oncohematological patients. Cellular Therapy and Transplantation. 2016; 5 (4(17)): 21-31.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Widerstrom M.,Wistrom J., Edebro H. et al. Colonization of patients, healthcare workers, and the environment with healthcare-associated Staphylococcus epidermidis genotypes in an intensive care unit: a prospective observational cohort study. BMC Infect Dis. 2016; 16: 743.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Widerstrom M., Wistrom J., Edebro H. et al. Colonization of patients, healthcare workers, and the environment with healthcare-associated Staphylococcus epidermidis genotypes in an intensive care unit: a prospective observational cohort study. BMC Infect. Dis. 2016; 16: 743.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Nayyar C., Thakur P., Tak V., Saigal K. Stenotroph-omonas maltophilia: An Emerging Pathogen in Paediatric Population. Journal of Clinical and Diagnostic Research. 2017; 11 (1): 8-11.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Nayyar C., Thakur P., Tak V., Saigal K. Stenotroph-omonas maltophilia: An Emerging Pathogen in Paediatric Population. Journal of Clinical and Diagnostic Research. 2017; 11 (1): 8-11.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit12"><label>12</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Лачкова, Л.В. Клинико-патогенетические особенности и тактика терапии кампилобактериоза у детей : авто-реф. дис. ... канд. мед. наук (14.00.10) / Л.В. Лачкова; НИИ-ДИ. — СПб, 2006.— 24 с</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lachkova L.V. Kliniko-patogeneticheskie osobennosti i taktika terapii kampilobakterioza u detej: avtoref.dis. ... kand. med. nauk (14.00.10). NIIDI.SPb, 2006: 24 p. (In Russian).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit13"><label>13</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Менингококковая инфекция и гнойные бактериальные менингиты в Российской Федерации. Информационно-аналитический обзор. Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора РФ 2016.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Meningokokkovaya infekciya i gnojnye bakterial'nye meningity v Rossijskoj Federacii. Informacionno-analiticheskij obzor. Central'nyj NII ehpidemiologii Rospotrebnadzora RF 2016.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit14"><label>14</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Кветная, А.С. Стратегия микробиологической диагностики бактериальных гнойных менингитов / А.С. Кветная, Л.И. Железова // Материалы 7-й Российско-итальянской конф. «Актуальные вопросы социально значимых вирусных инфекций». — Великий Новгород, 2009. — С. 68 — 72.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kvetnaya A.S., Zhelezova L.I. Strategiya mikrobio-logicheskoj diagnostiki bakterial'nyh gnojnyh meningitov. Ma-terialy 7-oj Rossijsko-ital'yanskoj konf. "Aktual'nye voprosy social'no znachimyh virusnyh infekcij". Velikij Novgorod, 2009: 68-72 (In Russian).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit15"><label>15</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Kumar A., Roberts D., Wood E.K. et al. Duration of hypotension before initiation of effective antimicrobial therapy is the critical determinant of survival in human septic shock. Crit. Care Med. 2006; 34 (6): 1589-1596.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kumar A., Roberts D., Wood E.K. et al. Duration of hypotension before initiation of effective antimicrobial therapy is the critical determinant of survival in human septic shock. Crit. Care Med. 2006; 34 (6): 1589-1596.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit16"><label>16</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Weiss S.L., Fitzgerald J.C., Pappachan J. et al. Global Epidemiology of Pediatric Severe Sepsis: The Sepsis Prevalence, Outcomes, and Therapies Study. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2015; 191 (10): 1147—1157.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Weiss S.L., Fitzgerald J.C., Pappachan J. et al. Global Epidemiology of Pediatric Severe Sepsis: The Sepsis Prevalence, Outcomes, and Therapies Study. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2015; 191 (10): 1147–1157.</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
