и.о. руководителя отдела кишечных инфекций, старший научный сотрудник;
профессор кафедры педиатрии и неонатологии, д.м.н.,
Санкт-Петербург
Saint-Petersburg
руководитель отдела респираторных (капельных) инфекций, ведущий научный сотрудник,
доцент кафедры инфекционных болезней у детей ФП и ДПО, д.м.н.,
Санкт-Петербург
Saint-Petersburg
научный сотрудник отдела молекулярной микробиологии и эпидемиологии, к.б.н.,
Санкт-Петербург
Saint-Petersburg
младший научный сотрудник отдела респираторных (капельных) инфекций, к.м.н.,
Санкт-Петербург
Saint-Petersburg
В работе представлены результаты однократного исследования микробиоты кишечника у здоровых детей первого года жизни. Проведено исследование 11 образцов фекалий, с последующим таргетным секвенированием амплифицированных участков гена 16S рРНК на платформе Miseq (Illumina, США), согласно стандартным протоколам. Суммарно было идентифицировано 600 уникальных OTU (operation taxonomic units), сгруппированных в 7 бактериальных фил (Phylum). На каждый образец приходилось в среднем 190±80 OTU на уровне видов и родов. Установлено доминирование грамположительных анаэробных бактерий (71±23%). Количественное распределение фил было следующим: фила Firmicutes – 43±15% (представлены Clostridium spp., Blautia spp., Lactobacillus spp., Enterococcus spp. и Veillonella spp.), фила Actinobacteria – 38±10% (из кото- рой более 90% OTU были представлены Bifidobacterium spp.) и фила Proteobacteria – 15±8% (представленные семейством Enterobacteriaceae). Представители филы Bacteroidetes были идентифицированы (7–15%) только в трех из одиннадцати образцов. Все образцы характеризовались низким видовым разнообразием, индекс Шеннона и критерий α-разнообразия были в диапазонах 1,5–4,2 и 3–20 соответственно. У детей, находящихся на грудном вскармливании, отмечено более высокое количество представителей Proteobacteria по сравнению с детьми на искусственном вскармливании. Отмечено влияние неблагоприятных факторов течения беременности матерей (прием антибиотиков, респираторная инфекция) на состав микробиоты кишечника детей, что отражалось в доминировании Klebsiella pneumoniae в одном случае и доминировании Enterococcus durans в другом.
The article presents the results of a single study the intestinal microbiota of healthy infants. Study was performed 11 fecal samples, followed by targeted sequencing the amplified sites on the 16S rRNA gene Miseq platform (Illumina, USA), according to standard protocols. Total 600 unique OTU (operation taxonomic units), grouped into 7 bacterial phyla (Phylum) have been identified. Each sample had an average of 190±80 OTU at the species level. Established predominance of gram-positive anaerobic bacteria (71±23%). Quantitative phylum distribution was as follows: phylum Firmicutes – 43±15% (represented by Clostridium spp., Blautia spp., Lactobacillus spp., Enterococcus spp. and Veillonella spp.), The phylum Actinobacteria – 38±10% (of which more than 90% the OTU were represented Bifidobacterium spp.) and the phylum Proteobacteria – 15±8% (represented by the family Enterobacteriaceae). Representatives of phylum Bacteroidetes been identified (7–15%) in only three of eleven samples. All samples characterized by low species diversity, Shannon index and criterion α-diversity were in the range of 1,5–4,2, and 3–20, respectively. Children who are breastfed, observed a higher number of representatives of Proteobacteria, compared with children on artificial feeding. Noted the influence of adverse factors of pregnancy mothers (antibiotics, respiratory infection) on the composition of the intestinal microbiota of children, which reflected in the dominance of Klebsiella pneumoniae in one case, and the dominance of Enterococcus durans otherwise.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.