Научные исследования в 2014 году осуществлялись на основании решения Ученого Совета от 30.05.2013 г. (Протокол № 5) в соответствии с Уставом учреждения (Утвержден Приказом ФМБА от 27.05.2011 г. № 262у) и научными направлениями института по разработке организационных основ оказания медицинской помощи детям с инфекционной патологией, усовершенствованию и разработке экспрессных методов диагностики вирусных и бактериальных инфекций, совершенствованию терапевтической тактики инфекционных заболеваний на основе всестороннего изучения патогенеза, совершенствованию вакцинопрофилактики. В научных исследованиях принимали участие 66 научных сотрудника, в том числе – 21 доктор наук (из них: 17 профессоров, 4 доцента, 1 академик РАН, 1 член-корреспондент РАН, 2 Заслуженных деятеля науки Российской Федерации) и 27 кандидатов наук. Среди научных сотрудников – 71% имеют ученую степень доктора или кандидата наук.