jofinЖурнал инфектологииJournal Infectology2072-6732IPO “АIDSSPbR"10.22625/2072-6732-2024-16-4-32-39jofin-1707Research ArticleОригинальное исследованиеOriginal ResearchЭтиологическая структура и профиль антибиотикорезистентности возбудителей при бактериемии у больных новой коронавирусной инфекциейEtiological structure and profile of antimicrobial resistance of pathogens in bacteremia in COVID-19 patientsГусевД. А.GusevD. A.

Гусев Денис Александрович – главный врач КИБ им. С.П. Боткина; заведующий кафедрой инфекционных болезней Национального медицинского исследовательского центра им. В.А. Алмазова, д.м.н., профессор.

Санкт-­Петербург; тел.: 8(812)660-42-42

Saint-Petersburg

gusevden-70@mail.ruМусатовВ. Б.MusatovV. B.

Мусатов Владимир Борисович – заместитель главного врача КИБ им. С.П. Боткина; доцент кафедры инфекционных болезней и эпидемиологии медицинского института Санкт-Петербургского ГУ, к.м.н., доцент.

Санкт­-Петербург; тел.: 8(812)660-42-42

Saint-Petersburg

doctormusatov@gmail.comКарнауховЕ. В.KarnaukhovE. V.

Карнаухов Евгений Викторович – заведующий инфекционным отделением Клинической инфекционной больницы им. С.П. Боткина.

Санкт­-Петербург; тел.: 8(812)660-60-06

Saint-Petersburg

zhenya-vk@yandex.ruЖдановК. В.ZhdanovK. V.

Жданов Константин Валерьевич – заведующий кафедрой инфекционных болезней и эпидемиологии медицинского института Санкт-Петербургского ГМУ, и.о. директора Детского научно-клинического центра инфекционных болезней, д.м.н., профессор, член-корреспондент РАН.

Санкт-Петербург; тел.: 8(812)234-17-71

Saint-Petersburg

zhdanovkv.vma@gmail.comГордееваС. А.GordeevaS. A.

Гордеева Светлана Александровна – заведующий централизованной бактериологической лабораторией КИБ им. С.П. Боткина; ассистент кафедры лабораторной диагностики Северо-Западного ГМУ им. И.И. Мечникова

Санкт­Петербург; тел.: +7-996-732-60-73

Saint-Petersburg

svetalgor@mail.ruПавловА. В.PavlovA. V.

Павлов Антон Валерьевич – инженер по медицинскому оборудованию КИБ им. С.П. Боткина.

Санкт-­Петербург; тел.: +7-981-957-81-09

Saint-Petersburg

sajros@ro.ruКлиническая инфекционная больница им. С.П. Боткина; Национальный медицинский исследовательский центр им. В.А. АлмазоваРоссияClinical Infectious Disease Hospital named after S.P. Botkin; National Medical Research Centre named after V.A. AlmazovRussian FederationКлиническая инфекционная больница им. С.П. Боткина; Санкт­Петербургский государственный университетРоссияClinical Infectious Disease Hospital named after S.P. Botkin; Saint-Petersburg State UniversityRussian FederationКлиническая инфекционная больница им. С.П. БоткинаРоссияClinical Infectious Disease Hospital named after S.P. BotkinRussian FederationСанкт­-Петербургский государственный университет; Детский научно-­клинический центр инфекционных болезнейРоссияSaint-Petersburg State UniversityRussian FederationКлиническая инфекционная больница им. С.П. Боткина; Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. МечниковаРоссияClinical Infectious Disease Hospital named after S.P. Botkin; North-Western State Medical University named after I.I. MechnikovRussian Federation2024150120251643239Copyright © Гусев Д.А., Мусатов В.Б., Карнаухов Е.В., Жданов К.В., Гордеева С.А., Павлов А.В., 20242024Гусев Д.А., Мусатов В.Б., Карнаухов Е.В., Жданов К.В., Гордеева С.А., Павлов А.В.Gusev D.A., Musatov V.B., Karnaukhov E.V., Zhdanov K.V., Gordeeva S.A., Pavlov A.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.niidi.ru/jofin/article/view/1707Цель

Цель: изучить спектр микроорганизмов, уровень резистентности к антимикробным препаратам и оценить их влияние на исходы случаев бактериемии у больных новой коронавирусной инфекцией.

Материалы и методы

Материалы и методы: ретроспективный анализ выделенных при исследовании гемокультуры потенциально резистентных бактерий и уровня летальности среди больных новой коронавирусной инфекцией и больных с иными диагнозами в период с с 01.01.2020 по 31.12.2020.

Результаты

Результаты: в 2020 г. анализируемые патогены были выделены у 168 пациентов, в том числе у 101 больного новой коронавирусной инфекцией (группа 1) и у 67 больных с другими диагнозами (группа 2). Бактериемия чаще выявлялась среди больных новой коронавирусной инфекцией (12,6 и 2,6 случаев на 1000 больных, р<0,05). В группе 1 доля грамотрицательных патогенов была выше, чем в группе 2 (63,8% и 52,1%, р=NS). Ведущий патоген в этой группе – K. pneumoniae (31,5%, 41 культура), а в группе 2 – S. aureus (35,2%, 25 культур). Отмечено достоверно более частое выявление в группе 1 A. baumannii (32 и 4 культуры, р<0,001) и E. faecium (24 и 4 культуры, р=0,011), в группе 2 – S. aureus (25 и 11 культур, р<0,001) и E. coli (9 и 6 культур, р=0,038). 3 ведущих микроорганизма у больных группы 1 имели высокий уровень устойчивости: 96,9% A. baumannii и 81,6% K. pneumoniae были резистентны к карбапенемам; 36,8% E. faecium – к ванкомицину. В группе 1 установлено более частое выявление нескольких (22,8% и 6,0%, р=0,004) и резистентных (70,3% и 41,8%, р<0,001) микроорганизмов. Показатель 28­дневной летальности больных был выше в группе 1 (68,3% и 50,7%, р=0,022). Возникновение бактериемии, вызванной потенциально резистентным патогеном, у больных новой коронавирусной инфекцией является неблагоприятным фактором наступления летального исхода (р=0,022).

Заключение

Заключение: среди больных новой коронавирусной инфекцией в сочетании c бактериемией наблюдается высокий уровень полимикробных ассоциаций с преобладанием как в их составе, так и в качестве моноинфекции грамотрицательных бактерий. Выделенные микроорганизмы имеют высокий уровень резистентности к антимикробным препаратам, что необходимо учитывать при выборе антибиотиков.

Goal

Goal. To investigate the spectrum of microorganisms, the level of antimicrobial resistance and to assess their effect on the outcomes of bacteremia among COVID­19 patients.

Materials and methods

Materials and methods. A retrospective analysis of potentially resistant bacteria detected in blood and the mortality rate among COVID­19 patients and patients with other diagnoses in the period from 01.01. – 12/31/2020.

Results

Results. In total, the analyzed pathogens were isolated from 168 patients, including 101 COVID­19 patients (group 1) and 67 patients with other diagnoses (group 2). Bloodstream infection were more often detected among COVID­19 patients (12.6 and 2.6 cases per 1000 patients, p<0.05). In group 1, the proportion of gram­-negative pathogens was higher than in group 2 (63.8% and 52.1%, p=0.012). The most commonly pathogen in group 1 is K. pneumoniae (31.5%, 41 cultures), in group 2 – S. aureus (35.2%, 25 cultures). Of particular importance is the identification of A. baumannii (32 and 4 cultures, p<0.001) and E. faecium (24 and 4 cultures, p=0.003) in group 1; S. aureus (25 and 11 cultures, p<0.001) and E. coli (9 and 6 cultures, p=0.038) – in group 2. Three leading types of microorganisms in group 1 have a high level of resistance: 96.9% of A. baumannii and 81.6% of K. pneumoniae were resistant to carbapenems, 36.8% of E. faecium was VRE. In group 1, several (22.8% and 6.0%, p=0.004) and resistant (70.3% and 41.8%, p<0.001) microorganisms were detected more frequently. The mortality rate of patients was higher in group 1 (68.3% and 50.7%, p=0.022). The occurrence of a bloodstream infection caused by a potentially resistant microorganism in COVID­19 patients is an unfavorable factor in the onset of death (p=0.022).

Conclusion

Conclusion. COVID­19 patients with bacteremia have a high level of polymicrobial associations with a predominance of gram­-negative bacteria both in their composition and as a monoinfection. The isolated microorganisms have a high level of antimicrobial resistance, which must be taken into account when choosing antibiotics.

новая коронавирусная инфекциябактериемияэтиологиярезистентность к антимикробным препаратамлетальностьnew coronavirus infectionCOVID­19bacteremiaetiologyresistant microorganismsmortality rateReferencesGoto M, Al-Hasan MN. Overall burden of bloodstream infection and nosocomial bloodstream infection in North America and Europe. Clin Microbiol Infect 2013;19:501–9Goto M, Al-Hasan MN. Overall burden of bloodstream infection and nosocomial bloodstream infection in North America and Europe. Clin Microbiol Infect 2013;19:501–9Лобзин, Ю.В. Руководство по инфекционным болезням. В 2 кн. / Ю.В. Лобзин, К.В. Жданов. – СПб.: Фолиант, 2011. – Кн. 1. – 4-е изд., доп. и перераб. – 664 с.Lobzin Yu.V. Rukovodstvo po infekcionnym boleznyam. V 2 kn. Kn. 1 – 4-e izd., dop. i pererab. / Yu.V. Lobzin, K.V. Zhdanov. – Sankt-Peterburg : Foliant, 2011. – 664 s. – ISBN 978-5-93929-218-4Susana P Costa, Carla M Carvalho, Burden of bacterial bloodstream infections and recent advances for diagnosis, Pathogens and Disease, Volume 80, Issue 1, 2022, ftac027, https://doi.org/10.1093/femspd/ftac027Susana P Costa, Carla M Carvalho, Burden of bacterial bloodstream infections and recent advances for diagnosis, Pathogens and Disease, Volume 80, Issue 1, 2022, ftac027, https://doi.org/10.1093/femspd/ftac027Rudd KE, Johnson SC, Agesa KM et al. Global, regional, and national sepsis incidence and mortality, 1990-2017: analysis for the global burden of disease study. Lancet 2020;395:200–11.Rudd KE, Johnson SC, Agesa KM et al. Global, regional, and national sepsis incidence and mortality, 1990-2017: analysis for the global burden of disease study. Lancet 2020;395:200–11.Пшеничная Н.Ю., COVID-19 – новая глобальная угроза человечеству / Н.Ю. Пшеничная [и др.] // Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. – 2020. – № 10(1). – С. 6–13. – DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2020.10.1.6-13Pshenichnaya N.YU., Veselova E.I., Semenova D.A., Ivanova S.C., ZHuravlev A.S. COVID-19 – novaya global’naya ugroza chelovechestvu// Epidemiol. infekc. bolezni. Aktual. vopr. 2020; 10(1): 6–13 DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2020.10.1.6-13Bradley J. Langford, Miranda So, Sumit Raybardhan, Valerie Leung, Duncan Westwood, Derek R. MacFadden, Jean-Paul R. Soucy, Nick Daneman, Bacterial co-infection and secondary infection in patients with COVID-19: a living rapid review and meta-analysis, Clinical Microbiology and Infection, Volume 26, Issue 12, 2020,1622-1629, https://doi.org/10.1016/j.cmi.2020.07.016Bradley J. Langford, Miranda So, Sumit Raybardhan, Valerie Leung, Duncan Westwood, Derek R. MacFadden, Jean-Paul R. Soucy, Nick Daneman, Bacterial co-infection and secondary infection in patients with COVID-19: a living rapid review and meta-analysis, Clinical Microbiology and Infection, Volume 26, Issue 12, 2020,1622-1629, https://doi.org/10.1016/j.cmi.2020.07.016Акимкин В.Г. Пандемия COVID-19: новый виток нарастания антибиотикорезистентности / В.Г. Акимкин [и др.] // Инфекционные болезни. – 2021. – № 19 (3). – С. 133–138. – DOI: 10.20953/1729-9225-2021-3-133-138Akimkin V.G., Tutel’yan A.V., SHulakova N.I., Voronin E.M. Pandemiya COVID-19: novyj vitok narastaniya antibiotikorezistentnosti. Infekcionnye bolezni. 2021; 19(3): 133–138. DOI: 10.20953/1729-9225-2021-3-133-138Langford BJ, So M, Simeonova M, Leung V, Lo J, Kan T, et al. Antimicrobial resistance in patients with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. SSRN J [Internet] 2022 [cited 2022 May 12]; Available from: https://www.ssrn.com/abstract-4099404.Langford BJ, So M, Simeonova M, Leung V, Lo J, Kan T, et al. Antimicrobial resistance in patients with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. SSRN J [Internet] 2022 [cited 2022 May 12]; Available from: https://www.ssrn.com/abstract-4099404.Перфильева, Д.Ю. Антибиотикорезистентность микроорганизмов у пациентов с внебольничной пневмонией, ассоциированной с новой коронавирусной инфекцией (COVID-19), в многопрофильном стационаре города Томска / Д.Ю. Перфильева [и др.] // Тихоокеанский медицинский журнал. – 2023. – С. 48–51. – DOI: 10.34215/1609-11752023-3-48-51D.YU. Perfil’eva, A.G. Miroshnichenko, V.YU. Perfil’ev, V.A. Bojkov, S.V. Baranovskaya, M.A. Babeshina, A.S. Sirotina. Antibiotikorezistentnost’ mikroorganizmov u pacientov s vnebol’nichnoj pnevmoniej, associirovannoj s novoj koronavirusnoj infekciej (COVID-19), v mnogoprofil’nom stacionare goroda Tomska., Tihookeanskij medicinskij zhurnal, 2023, 4851, DOI: 10.34215/1609-1175-2023-3-48-51Белобородов, В.Б. Методические рекомендации Российской некоммерческой общественной организации «Ассоциация анестезиологов-реаниматологов», Межрегиональной общественной организации «Альянс клинических химиотерапевтов и микробиологов», Межрегиональной ассоциации по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии (МАКМАХ), общественной организации«Российский Сепсис Форум» «Диагностика и антимикробная терапия инфекций, вызванных полирезистентными микроорганизмами» / В.Б. Белобородов [и др.] // Вестник анестезиологии и реаниматологии. – 2020. – Т. 17, № 1. – С. 52–83. – http://doi.org/10.21292/2078-5658-2020-17-152-83.Beloborodov V.B., Gusarov V.G., Dekhnich A.V., Zamyatin M.N., Zubareva N.A., Zyryanov S.K., Kamyshova D.A., Klimko N.N., Kozlov R.S., Kulabuhov V.V., Polushin YU.S., Rudnov V.A., Sidorenko S.V., SHlyk I.V., Edel’shtejn M.V., Yakovlev S.V. Metodicheskie rekomendacii Rossijskoj nekommercheskoj obshchestvennoj organizacii «Associaciya anesteziologovreanimatologov», Mezhregional’noj obshchestvennoj organizacii «Al’yans klinicheskih himioterapevtov i mikrobiologov», Mezhregional’noj associacii po klinicheskoj mikrobiologii i antimikrobnoj himioterapii (MAKMAH), obshchestvennoj organizacii «Rossijskij Sepsis Forum» «Diagnostika i antimikrobnaya terapiya infekcij, vyzvannyh polirezistentnymi mikroorganizmami» // Vestnik anesteziologii i reanimatologii, Tom 17, No 1, 2020 стр 52-83. http://doi.org/10.21292/2078-5658-2020-17-1-52-83.Etiology and antimicrobial resistance of secondary bacterial infections in patients hospitalized with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective analysis. Jie Li, Junwei Wang, Yi Yang, Peishan Cai, Jingchao Cao, Xuefeng Cai and Yu Zhang Antimicrobial Resistance and Infection Control (2020) 9:153 https://doi.org/10.1186/s13756-020-00819-1Etiology and antimicrobial resistance of secondary bacterial infections in patients hospitalized with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective analysis. Jie Li, Junwei Wang, Yi Yang, Peishan Cai, Jingchao Cao, Xuefeng Cai and Yu Zhang Antimicrobial Resistance and Infection Control (2020) 9:153 https://doi.org/10.1186/s13756-020-00819-1Bahceci I, Yildiz I E, Duran O F, et al. (February 18, 2022) Secondary Bacterial Infection Rates Among Patients With COVID-19. Cureus 14(2): e22363. DOI: 10.7759/cureus.22363Bahceci I, Yildiz I E, Duran O F, et al. (February 18, 2022) Secondary Bacterial Infection Rates Among Patients With COVID-19. Cureus 14(2): e22363. DOI: 10.7759/cureus.22363Ramos R., de la Villa S., GarcíaRamos S., Padilla B., GarcíaOlivares P., Piñero P., et al. COVID19 associated infections in the ICU setting: a retrospective analysis in a tertiarycare hospital. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2021. DOI: 10.1016/j.EIMC.2021.10.014Ramos R., de la Villa S., GarcíaRamos S., Padilla B., GarcíaOlivares P., Piñero P., et al. COVID19 associated infections in the ICU setting: a retrospective analysis in a tertiarycare hospital. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2021. DOI: 10.1016/j.EIMC.2021.10.014Kubin CJ, McConville TH, Dietz D, Zucker J, May M, Nelson B, Istorico E, Bartram L, Small-Saunders J, Sobieszczyk ME, Gomez-Simmonds A, Uhlemann AC. Characterization of Bacterial and Fungal Infections in Hospitalized Patients With Coronavirus Disease 2019 and Factors Associated With Health Care-Associated Infections. Open Forum Infect Dis. 2021 May 5;8(6):ofab201. doi: 10.1093/ofid/ofab201. PMID: 34099978; PMCID: PMC8135866.Kubin CJ, McConville TH, Dietz D, Zucker J, May M, Nelson B, Istorico E, Bartram L, Small-Saunders J, Sobieszczyk ME, Gomez-Simmonds A, Uhlemann AC. Characterization of Bacterial and Fungal Infections in Hospitalized Patients With Coronavirus Disease 2019 and Factors Associated With Health Care-Associated Infections. Open Forum Infect Dis. 2021 May 5;8(6):ofab201. doi: 10.1093/ofid/ofab201. PMID: 34099978; PMCID: PMC8135866.Giannitsioti, E.; Louka, C.; Mamali, V.; Kousouli, E.; Velentza, L.; Papadouli, V.; Loizos, G.; Mavroudis, P.; Kranidiotis, G.; Rekleiti, N.; et al. Bloodstream Infections in a COVID-19 Non-ICU Department: Microbial Epidemiology, Resistance Profiles and Comparative Analysis of Risk Factors and Patients’ Outcome. Microorganisms 2022, 10, 1314.Giannitsioti, E.; Louka, C.; Mamali, V.; Kousouli, E.; Velentza, L.; Papadouli, V.; Loizos, G.; Mavroudis, P.; Kranidiotis, G.; Rekleiti, N.; et al. Bloodstream Infections in a COVID-19 Non-ICU Department: Microbial Epidemiology, Resistance Profiles and Comparative Analysis of Risk Factors and Patients’ Outcome. Microorganisms 2022, 10, 1314.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.