jofinЖурнал инфектологииJournal Infectology2072-6732IPO “АIDSSPbR"10.22625/2072-6732-2021-13-3-82-91jofin-1243Research ArticleОригинальное исследованиеOriginal ResearchГенетическая характеристика ротавирусов группы А, циркулирующих в Оренбургском регионе в разные эпидемические сезоныGenetic characteristics of group A rotaviruses circulating in the Orenburg region during various epidemic seasonsДенисюкН. Б.DenisyukN. B.

Денисюк Нина Борисовна — доцент кафедры эпидемиологии и инфекционных болезней ОрГМУ, доктор медицинских наук.

Оренбург.

Тел.: 8(3532)77-61-03, +7-922-621-12-60

Orenburg.

denisuknina@mail.ruОренбургский государственный медицинский университетРоссияOrenburg State Medical UniversityRussian Federation2021091020211338291Copyright © Денисюк Н.Б., 20212021Денисюк Н.Б.Denisyuk N.B.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.niidi.ru/jofin/article/view/1243Цель

Цель: проанализировать генетическую структуру ротавирусов группы А, циркулирующих на территории Оренбургского региона в разные эпидемические сезоны.

Материалы и методы

Материалы и методы: генетическая структура ротавирусов по аллелям G/P определена в 341 образце фекалий пациентов с клиникой гастроэнтерита в возрасте до 5 лет в различные эпидемические сезоны. Использовались методы ИФА, ПЦР. Типирование ротавирусов проводилось на базе лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии кишечных инфекций отдела молекулярной диагностики Центрального научно-исследовательского института эпидемиологии.

Результаты

Результаты: определена общая генетическая структура ротавирусов группы А, циркулирующих в Оренбургской области в период 2014—2020 гг., выраженная частотами аллелей G/Р. Генетический потенциал ротавирусов группы А за весь период исследования был представлен 12 вариантами генотипов по G/P аллелям, ведущее значение в эпидемическом процессе имели генотипы с наиболее высокой частотой встречаемости: G4[P]8, G9[P]8, G2[P]4, Mixt. Частота регистрации сочетанных форм различных генотипов ротавирусов (Mixt-формы) составила 5,9%.

Заключение

Заключение: установлены основные и доминирующие генотипы, их региональное многообразие и межсезонные колебания. Спектр циркулирующих генотипов ротавирусов отличался в различные эпидемические сезоны, показана их эпидемическая значимость.

Objective

Objective. To analyze the genetic structure of rotaviruses of group A, circulating on the territory of the Orenburg region in different epidemic seasons.

Materials and methods

Materials and methods: The genetic structure of rotaviruses by G/P alleles was determined in 341 fecal samples of patients with gastroenteritis clinic under the age of 5 years in various epidemic seasons. ELISA and PCR methods were used. The typing of rotaviruses was conducted on the basis of the laboratory of molecular diagnostic and epidemiology of enteric infections of the Department molecular diagnostics Central research Institute of epidemiology.

Results

Results: The general genetic structure of group a rotaviruses circulating in the Orenburg region in the period from 2014—2020 was determined, expressed, by the frequencies of G/P alleles. The genetic potential of group a rotaviruses for the entire study period was represented by twelve variants of genotypes for G/P alleles, the leading role in the epidemic process was played by genotypes with the highest frequency of occurrence: G4[P]8, G9[P]8, G2[P]4, Mixt. The frequency of registration of combined forms of various rotavirus genotypes (Mixed forms) was 5,9%.

Conclusion

Conclusion: The main and dominant genotypes, their regional diversity and inter-seasonal fluctuations are established. The spectrum of circulating rotavirus genotypes differed in different epidemic seasons, and their epidemic significance is shown.

ротавирусыгенотипыаллелиэпидемический сезонrotavirusesgenotypesallelesepidemic seasonReferencesMandal, S. Is Rotavirus Gastroenteritis a Global Emerging / Mandal, S., Mandal, MD. //Re-Emerg Probl. Transl. Med. -2014; 4(143): 2161-1025.Mandal, S. Is Rotavirus Gastroenteritis a Global Emerging / Mandal, S., Mandal, MD. //Re-Emerg Probl. Transl. Med. -2014; 4(143): 2161-1025.WHO. Weekly epidemiological record. January, 2018.WHO. Weekly epidemiological record. January, 2018.WHO. Global Invasive Bacterial Vaccine-Preventable Disease and Rotavirus and Pediatric Diarrhea Surveillance Networks Bulletin Weekly epidemiological record. October, 2020.WHO. Global Invasive Bacterial Vaccine-Preventable Disease and Rotavirus and Pediatric Diarrhea Surveillance Networks Bulletin Weekly epidemiological record. October, 2020.Walker, C.L. Global burden of childhood pneumonia and diarrhea. / Walker, C.L., Rudan, I., Liu, L., Nair, H., Theodoratou, E., Bhutta, Z A., O'Brien, K.L., Campbell, H., Black, R.E.// Lancet. -2015.-381.-P.1405-1416.Walker, C.L. Global burden of childhood pneumonia and diarrhea. / Walker, C.L., Rudan, I., Liu, L., Nair, H., Theodoratou, E., Bhutta, Z A., O'Brien, K.L., Campbell, H., Black, R.E.// Lancet. -2015.-381.-P.1405-1416.Брико, Н.И. Глобализация и распространение инфекционных заболеваний / Н.И. Брико, В.И. Покровский, Н.А. Малышев // Прикладная микробиология. - 2015. - Т. 2, № 1 (4). - С. 20-28.Briko, N.I. Globalizaciya i rasprostranenie infekcionnyh zabolevanij/ N.I.Briko, V.I.Pokrovskij, N.A.Malyshev// Prikladnaya mikrobiologiya. -2015.-T.2.-№1(4).- S.20-28. (in Russ.)Полибин, Р.В. Сравнительный анализ смертности от инфекционных болезней в Российской Федерации и некоторых странах Европы / Р.В. Полибин [и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2017. - Т. 16, № 3 (94). - С.4-10.Polibin, R.V. Sravnitel'nyj analiz smertnosti ot infekcionnyh boleznej v Rossijskoj Federacii i nekotoryh stranah Evropy/ R.V.Polibin, A.YA.Mindlina, A.A.Gerasimov, N.I.Briko//Epidemiologiya i vakcinoprofilaktika. -2017.-T.16.-№3(94).-S.4-10.(in Russ.)Плоскирева, А.А. Ротавирусная инфекция у детей: эпидемиологические и клинические аспекты на современном этапе / А.А. Плоскирева // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. - 2017. - № 6. - С. 5-10.Ploskireva, A.A. Rotavirusnaya infekciya u detej: epidemiologicheskie i klinicheskie aspekty na sovremennom etape/ A.A. Ploskireva// Epidemiologiya i infekcionnye bolezni. Aktual'nye voprosy. -2017.-№6.-S.5-10. (in Russ.)Литвинчук, О.А. Клинико-эпидемиологические особенности и вопросы терапии острых вирусных кишечных инфекций у детей, связанных с оказанием медицинской помощи : автореф. дисс. ... канд. мед. наук / О.А. Литвинчук. -М., 2015. -24 с.Litvinchuk, O.A. Kliniko-epidemiologicheskie osobennosti i voprosy terapii ostryh virusnyh kishechnyh infekcij u detej, svyazannyh s okazaniem medicinskoj pomoshchi: avtoreferat dissertacii.k.m.n./O.A. Litvinchuk. -M.:2015.-24. (in Russ.)Кудрявцев, В.В. Современные проявления эпидемического процесса ротавирусной инфекции и пути оптимизации эпидемиологического надзора : автореф. дисс. . канд. мед. наук / В.В. Кудрявцев. - М., 2015. - 24 с.Kudryavcev, V.V. Sovremennye proyavleniya epidemicheskogo processa rotavirusnoj infekcii i puti optimizacii epidemiologicheskogo nadzora: avtoreferat dissertacii. k.m.n./V.V.Kudryavcev. - M.:2015.-24s. (in Russ.)Подколзин, А.Т. Сезонные и территориальные особенности распределения заболеваемости ротавирусной инфекцией в РФ / А.Т. Подколзин, Д.Е. Курочкина, Г.А. Шипулин // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2015. -Т.20, № 2. - С. 52-54.Podkolzin, A.T. Sezonnye i territorial'nye osobennosti raspredeleniya zabolevaemosti rotavirusnoj infekciej v RF /A.T. Podkolzin, D.E.Kurochkina, G.A.SHipulin //Epidemiologiya i infekcionnye bolezni. -2015.-T.20.-№2.-S.52-54. (in Russ.)Покровский, В.И. Внутрибольничные инфекции: новые горизонты профилактики / В.И. Покровский, В.Г. Акимкин, Н.И. Брико // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2015. - № 1. - С. 4-9.Pokrovskij, V.I. Vnutribol'nichnye infekcii: novye gorizonty profilaktiki/V.I. Pokrovskij, V.G. Akimkin, N.I. Briko // Epidemiologiya i infekcionnye bolezni. -2015.-№1.-S.4-9. (in Russ.)Durmaz, R. Prevalence of Rotavirus Genotypes in Children Younger than 5 Years of Age before the Introduction of a Universal Rotavirus Vaccination Program: Report of Rotavirus Surveillance in Turkey / Durmaz, R., Kalaycioglu, A.T., Acar, S., et al/ // Journal.pone PLOS ONE / December.-2014; 1:19.Durmaz, R. Prevalence of Rotavirus Genotypes in Children Younger than 5 Years of Age before the Introduction of a Universal Rotavirus Vaccination Program: Report of Rotavirus Surveillance in Turkey / Durmaz, R., Kalaycioglu, A.T., Acar, S., et al/ // Journal.pone PLOS ONE / December.-2014; 1:19.Gruber, J.F. Heterogeneity of Rotavirus Vaccine Efficacy Among Infants in Developing Countries/Gruber, JF., Hille, DA., Liu, GF., et al.//The Pediatric Infectious Disease Journal. January, 2017.-36(1).-72-78.Gruber, J.F. Heterogeneity of Rotavirus Vaccine Efficacy Among Infants in Developing Countries/Gruber, JF., Hille, DA., Liu, GF., et al.//The Pediatric Infectious Disease Journal. January, 2017.-36(1).-72-78.Dahl, RM. Effect of Rotavirus Vaccination on Acute Diarrheal Hospitalizations Among Low and Very Low Birth Weight US Infants, 2001-2015 / Dahl, RM., Curns, AT., Tate, JE., Parashar, UD. //The Pediatric Infectious Disease Journal. February, 2018 - Volume Publish Ahead of Print.Dahl, RM. Effect of Rotavirus Vaccination on Acute Diarrheal Hospitalizations Among Low and Very Low Birth Weight US Infants, 2001-2015 /Dahl, RM., Curns, AT., Tate, JE., Parashar, UD. //The Pediatric Infectious Disease Journal. February, 2018 - Volume Publish Ahead of Print.Сашина, Т.А. Филогенетический анализ Российских вариантов ротавируса генотипа G9 / Т.А.Сашина [и др.] // Инфекционные болезни. - 2016. - Т. 14, № S1. - С. 254.Sashina, T.A. Filogeneticheskij analiz Rossijskih variantov rotavirusa genotipa G9/ T.A.Sashina, O.V Morozova, N.V.Epifanova, N.A.Novikova// Infekcionnye bolezni. -2016. -T.14. -№1.-S.254. (in Russ.)Сергеева, А.В. Этиологическая расшифровка вирусных ОКИ в условиях неинфекционного многопрофильного детского стационара / А.В. Сергеева [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2015. - Т.60, № 9. - С. 69-70.Sergeeva, A.V. Etiologicheskaya rasshifrovka virusnyh OKI v usloviyah neinfekcionnogo mnogoprofil'nogo detskogo stacionara/ A.V.Sergeeva, i dr.// Klinicheskaya laboratornaya diagnostika. -2015.-T.60.-№9.-S.69-70. (in Russ.)Мартынова, Г.П. Анализ генетического разнообразия ротавирусов, циркулирующих на территории г. Ачинска Красноярского края / Г.П. Мартынова, А.Г. Южакова // Материалы IX Ежегодного Всероссийского Конгресса по инфекционным болезням с международным участием. - М., 2017. - С.169.Martynova, G.P. Analiz geneticheskogo raznoobraziya rotavirusov, cirkuliruyushchih na territorii g. Achinska Krasnoyarskogo kraya/ G.P. Martynova, A.G. Yuzhakova //Materialy IX Ezhegodnogo Vserossijskogo Kongressa po infekcionnym boleznyam s mezhdunarodnym uchastiem. -M., 2017. -S.169. (in Russ.)О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Оренбургской области в 2019 году: Государственный доклад. - Оренбург: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Оренбургской области, 2020. - 237 с.O sostoyanii sanitarno-epidemiologicheskogo blagopoluchiya naseleniya v Orenburgskoj oblasti v 2019 godu: Gosudarstvennyj doklad. - Orenburg, Federal'naya sluzhba po nadzoru v sfere zashchity prav potrebitelej i blagopoluchiya cheloveka po Orenburgskoj oblasti. - 2020. - 237 s. (in Russ.)Харит, С.М. Оценка бремени ротавирусных гастроэнтеритов как обоснование необходимо плановой вакцинации / С.М. Харит [и др.] // Медицинский совет. - 2017. -№ 4. - С.73-78.Harit, S.M. Ocenka bremeni rotavirusnyh gastroenteritov kak obosnovanie neobhodimo planovoj vakcinacii /S.M.Harit, M.K.Bekhtereva, YU.V.Lobzin, A.V.Rudakova, A.T.Podkolzin, N.V.Tikunov// Medicinskij sovet. -2017.-№4.-S.73-78. (in Russ.)Намазова-Баранова, Л.С. Вакцинация против ротавирусной инфекции: 10 летний мировой опыт успешного применения / Л.С. Намазова-Баранова [и др.] // Вопросы современной педиатрии. - 2017. - Т.16., № 4. - С. 273285.Namazova-Baranova, L.S. Vakcinaciya protiv rotavirusnoj infekcii: 10 letnij mirovoj opyt uspeshnogo primeneniya/ L.S.Namazova-Baranova, i dr.// Voprosy sovremennoj pediatrii. -2017.-T.16.-№4.-S.273-285. (in Russ.)Семериков, В.В. Обоснование необходимости массовой вакцинопрофилактики ротавирусной инфекции на отдельной территории / В.В. Семериков, Н.Б. Вольдшмидт, Л.Г.Кудрявцева // Материалы IX Ежегодного Всероссийского Конгресса по инфекционным болезням с международным участием. - М., 2017. - С.253.Semerikov, V.V. Obosnovanie neobhodimosti massovoj vakcinoprofilaktiki rotavirusnoj infekcii na otdel'noj territorii /Semerikov, V.V., N.B. Vol'dshmidt, L.G.Kudryavceva//Materialy IX Ezhegodnogo Vserossijskogo Kongressa po infek-cionnym boleznyam s mezhdunarodnym uchastiem. -M., 2017.-S.253. (in Russ.)Новикова, Н.А. Проявления эпидемического процесса ротавирусной инфекции в Нижнем Новгороде в предвакцинальный период (2005-2016гг) / Н.А. Новикова [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2017. - № 5. - С. 46-53.Novikova, N.A. Proyavleniya epidemicheskogo processa rotavirusnoj infekcii v Nizhnem Novgorode v predvakcinal'nyj period (2005-2016gg) /N.A.Novikova, i dr.// Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. -2017.-№5.-S.46-53. (in Russ.)Южакова, А.Г. Вакцинопрофилактика ротавирусной инфекции: социальная значимость и эффективность / А.Г.Южакова, Г.П. Мартынова // Журнал инфектологии. - 2017. - Т.9, № 2. -С. 65-71.Yuzhakova, A.G. Vakcinoprofilaktika rotavirusnoj infekcii: social'naya znachimost' i effektivnost' /A.G.YUzhakova, G.P. Martynova //ZHurnal infektologii. -2017.-T.9.-№2.-S.65-71. (in Russ.)Черепанова, Е.А. Состояние вакцинопрофилактики кишечных инфекций в Российской Федерации / Е.А. Черепанова, Е.Г. Симонова // Сборник Материалов IX Ежегодного Всероссийского Конгресса по инфекционным болезням с международным участием. - М., 2017. - С. 308-309.Cherepanova, E.A. Sostoyanie vakcinoprofilaktiki kishechnyh infekcij v Rossijskoj Federacii /E.A.Cherepanova, E.G.Simonova // Sbornik Materialov IX Ezhegodnogo Vserossijskogo Kongressa po infekcionnym boleznyam s mezhdunarodnym uchastiem. -Moskva, 2017. -S.308-309. (in Russ.)Seheri, L.M. Rotavirus strain diversity in Eastern and Southern African countries before and after vaccine introduction /Seheri, M., Magagula, NB., Peenze, I., Rakau, K., et al. //Vaccine.-2017.-Dec.1.-Epab.2017.Seheri, L.M. Rotavirus strain diversity in Eastern and Southern African countries before and after vaccine introduction /Seheri, M., Magagula, NB., Peenze, I., Rakau, K., et al. // Vaccine.-2017.-Dec.1.-Epab.2017.Подколзин, А.Т. Эпидемиологическая и клиническая характеристика острых кишечных инфекций вирусной этиологии в Российской Федерации : автореф. дисс. ... докт. мед. наук / А.Т. Подколзин. - М., 2015. - 44 с.Podkolzin, A.T. Epidemiologicheskaya i klinicheskaya harakteristika ostryh kishechnyh infekcij virusnoj etiologii v Rossijskoj Federacii: avtoreferat dissertacii.d.m.n./ A.T. Podkolzin. -M.:2015.-44s. (in Russ.)Черепанова, Е.А. Особенности эпидемиологии ротавирусной инфекции в Российской Федерации в 2000-2010 годах / Е.А. Черепанова [и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2012. - № 2 (63). - С. 38-41.Cherepanova, E.A. Osobennosti epidemiologii rotavirusnoj infekcii v Rossijskoj Federacii v 2000-2010 godah /E.A.CHerepanova i dr. //Epidemiologiya i vakcinoprofilaktika. -2012.-№2(63).-S.38-41. (in Russ.)Жираковская, Е.В. Генетическое разнообразие изолятов ротавирусов группы А, выявленных в Западной Сибири в 2007-2011 гг. / Е.В. Жираковская [и др.] //Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2012. -№ 4. - С. 33-41.Zhirakovskaya, E.V. Geneticheskoe raznoobrazie izolyatov rotavirusov gruppy A, vyyavlennyh v Zapadnoj Sibiri v 2007-2011 gg./E.V.ZHirakovskaya, R.H.Aksanova, M.G.Gorbunova, i dr.//Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i virusologiya. -2012.-№4.-S.33-41. (in Russ.)Епифанова, Н.В. Острые кишечные инфекции вирусной этиологии по данным многолетних наблюдений на территории Нижнего Новгорода / Н.В. Епифанова [и др. // Медицинский алфавит. - 2016. -Т.1, № 6. - С. 30-34.Epifanova, N.V. Ostrye kishechnye infekcii virusnoj etiologii po dannym mnogoletnih nablyudenij na territorii Nizhnego Novgoroda/ N.V.Epifanova, T.A. Sashina, N.M.Hohlova, A.YU.Kashnikov, N.A. Novikova // Medicinskij alfavit. - 2016.-T.1.-№6.-S.30-34. (in Russ.)Веселова, О.А. Циркуляция различных G типов ротавирусов грА на территории Российской Федерации 20122013 гг. / О.А. Веселова, А.Т. Подколзин, Г.А. Шипулин // Сборник трудов VIII Всероссийской научно-практической конференции c международным участием «Молекулярная диагностика». - М., 2014. - С. 374-375.Veselova, O.A. Cirkulyaciya razlichnyh G tipov rotavirusov grA na territorii Rossijskoj Federacii 2012-2013gg/ O.A.Veselova, A.T.Podkolzin, G.A.SHipulin// Sbornik trudov VIII Vserossijskoj nauchno-prakticheskoj konferencii c mezhdunarodnym uchastiem «Molekulyarnaya diagnostika» .-Moskva, 2014.-S. 374-375. (in Russ.)Зайцева, Е.В. Результаты мониторинга антигенных типов ротавирусов гр. А на территории Российской Федерации в период 2011-2015 гг. / Е.В. Зайцева [и др.] / Клиническая лабораторная диагностика. - 2016. - Т.61, №7. - С. 445-448.Zajceva, E.V. Rezul'taty monitoringa antigennyh tipov rotavirusov gr. A na territorii Rossijskoj Federacii v period 2011-2015gg./ E.V.Zajceva, T.A. Ol'neva, K.V.Kuleshov, A.T.Podkolzin, G.A.SHipulin, i dr./ Klinicheskaya laboratornaya diagnostika. -2016.-T.61.-№7.-S.445-448. (in Russ.)Podkolzin, A.T. Rotavirus grA Surveillance and genotype distribution in Russian Federation in season 2011-2012. Central research Institute of Epidemiology, Enteric Pathogens Monitoring Group (EPMG), Moscow, Russian Federation. 2012. Available on: www.epid-oki.ru.Podkolzin, A.T. Rotavirus grA Surveillance and genotype distribution in Russian Federation in season 2011-2012. Central research Institute of Epidemiology, Enteric Pathogens Monitoring Group (EPMG), Moscow, Russian Federation. 2012. Available on: www.epid-oki.ru. (in Russ.)Епифанова, Н.В. Спектр генотипов ротавирусов, циркулировавших на территории Нижнего Новгорода в 2005-2012 годах. Доминирование генотипа g4p[8]/ Н.В. Епифанова [и др.] // Медицинский альманах. - 2014. - № 2 (32). - С. 52-57.Epifanova, N.V. Spektr genotipov rotavirusov, cirkulirovavshih na territorii Nizhnego Novgoroda v 2005-2012 godah. Dominirovanie genotipa g4p[8]/ N.V.Epifanova, T.A.Sashina, N.A.Novikova, S.G.Fomina, L.B. Lukovnikova, A.YU. Kashnikov// Medicinskij al'manah. -2014.-№2 (32). S.52-57. (in Russ.)Брико, Н.И. Иммунопрофилактика инфекционных болезней в России: состояние и перспективы совершенствования/ Н.И. Брико, И.В. Фельдблюм // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2017. - Т. 16, № 2 (93). -С. 4-9.Briko, N.I. Immunoprofilaktika infekcionnyh boleznej v Rossii: sostoyanie i perspektivy sovershenstvovaniya/ N.I.Briko, I.V.Fel'dblyum// Epidemiologiya i vakcinoprofilaktika. -2017.-T.16.-№2(93).-S.4-9. (in Russ.)Бабик, Р.К. Оптимизация диагностики вирусных и бактериальных кишечных инфекций у детей и взрослых / Р.К. Бабик, О.И. Сагалова // Инфекционные болезни. -2015. -Т. 13, № 2. - С. 46-54.Babik, R.K. Optimizaciya diagnostiki virusnyh i bakterial'nyh kishechnyh infekcij u detej i vzroslyh/ R.K.Babik, O.I.Sagalova// Infekcionnye bolezni. -2015.-T.13.-№2.-S.46-54. (in Russ.)Подколзин, А.Т. Интерпретация результатов детекции возбудителей вирусных диарей в режиме Real-Time / А.Т. Подколзин [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2015. - Т. 60, № 6. - С. 52-57.Podkolzin, A.T. Interpretaciya rezul'tatov detekcii vozbuditelej virusnyh diarej v rezhime Real-Time /A.T. Podkolzin, A.N.Guseva, O.A.Veselova, D.E.Kurochkina, G.A.Shipulin //Klinicheskaya laboratornaya diagnostika. -2015.-T.60.-№6.-S.52-57. (in Russ.)

The authors declare that there are no conflicts of interest present.